La familia Borja, era una de las más célebres del reino de Aragón, España. Alcanzó fama mundial cuando Alfonso Borja fue elegido Papa con el nombre de Calixto III. A fines del mismo siglo, hubo otro Papa Borja, Alejandro VI, quien tenía cuatro hijos cuando fue elevado al Pontificado. Para dotar a su hijo Pedro, compró el ducado de Gandía, (en Valencia, España). Pedro, a su vez lo legó a su hijo Juan, quien fue asesinado poco después de su matrimonio. Su hijo, el tercer duque de Gandía, se casó con la hija natural de un hijo de Fernando V de Aragón. De este matrimonio nació el 28 de octubre de1510 Francisco de Borja y Aragón, nuestro santo, quien era nieto de un Papa (Alejandro VI) y de un rey (Fernando) y además, primo del emperador Carlos V.
Una vez que hubo terminado sus estudios, a los dieciocho años, Francisco ingresó en la corte de este último. Por entonces, ocurrió un incidente cuya importancia no había de verse sino más tarde. En Alcalá de Henares, Francisco quedó muy impresionado a la vista de un hombre a quien se conducía a la prisión de la Inquisición: ese hombre era Ignacio de Loyola.
En 1543, a la muerte de su padre, heredó el ducado de Gandía. Como el rey Juan de Portugal se negó a aceptarle como principal personaje de la corte de Felipe II, quien iba a contraer matrimonio con su hija, Francisco renunció al virreinato y se retiró con su familia a Gandía. Ello constituyó un duro golpe, para su carrera pública, y desde entonces el duque empezó a preocuparse más de sus asuntos personales.
En efecto, fortificó la ciudad de Gandía para protegerla contra los piratas berberiscos, construyó un convento de dominicos en Lombay y reparó un hospital. Por entonces, el obispo de Cartagena escribió a un amigo suyo: «Durante mi reciente estancia en Gandía pude darme cuenta de que Don Francisco es un modelo de duques y un espejo de caballeros cristianos. Es un hombre humilde y verdaderamente bueno, un hombre de Dios en todo el sentido de la palabra… Educa a sus hijos con un esmero extraordinario y se preocupa mucho por su servidumbre. Nada le agrada tanto como la compañía de los sacerdotes y religiosos…»